A Szkeptikus Társaság elsődleges céljának tekinti a tényeken alapuló racionális gondolkodás értékének, a tudomány eredményeinek ismertetését, valamint az irracionális, áltudományos irányvonalak és a vallások kritikáját. A szkepticizmus, mint racionális kételkedés a tudományos módszertan egyik alappillére, amelynek bemutatása kiemelt fontosságú programpontja a szervezetnek.
